1、苗期癥狀（易忽略）：
幼苗基部葉鞘出現(xiàn)褐色斑點(diǎn)，嚴(yán)重時(shí)幼苗發(fā)黃、矮化。
根系變褐，須根減少，易拔斷。
2、拔節(jié)至抽穗期典型癥狀：
莖基部：葉鞘內(nèi)側(cè)出現(xiàn)褐色至黑褐色病斑，縱向擴(kuò)展形成條斑，嚴(yán)重時(shí)莖基部腐爛，手捏有軟腐感。
葉片：從下向上黃化，呈“假旱象”，雨后可能出現(xiàn)白色或粉紅色霉層（病原菌分生孢子）。
3、成株期：后期莖稈易倒伏，形成枯白穗，籽粒秕瘦。
4、與紋枯病區(qū)別：
紋枯病病斑呈云紋狀，莖基腐病為縱向條斑；紋枯病較少導(dǎo)致根系腐爛。
